各位网友,想请问是否有任何关于如何利用c++进行生物信息学分析的书刊或工具或网站,可以介绍吗?
我之前有学过perl和awk...
现在想试着学习利用c++,来进行数据分析...
多谢各位网友的分享和指导
我主要感兴趣的是如何利用c++来读取一个挡案内的数据后,并加以分析和处理...

不懂啊，我想你在这个网站里应该能找到你想要的书：http://www.

谢谢你的分享 :)
请问你对c++或生物信息学,都很了解的?

呵呵，C++略懂，生物学不懂。。。

生物信息学分析……
估计几乎不会有书吧 c++ 和这个合在一起讲吧……
你用 perl 解决不了类似的问题，那我觉得 c++ 也会很困难。
因为解析字符串或者匹配正则表达式之类的要利用第三方库才可以，而且，你会觉得即使用库也异常的费劲。perl 里几行的代码跑到 c++ 里等价的代码要十几行，几十行都很正常。

如果你以前只学过 perl 和 awk 的话，那么 c++ 和这两种语言的区别还是很大的。也许在学的过程中阻力会比较大，要作好心理准备哦～

如果数据量很大的话，考虑用 sql 之类的是正确的。或者找专门用来统计分析的工具也行，比如 sas, spss 之类的。专门的数学软件也可能会更好用，比如 matlab, mathematics 之类的。

当然我说的这些意见可能没什么参考价值，因为我也不懂生物信息是分析什么的。


[ 本帖最后由 pangding 于 2011-6-30 19:40 编辑 ]

呵呵,那我们互相交流下,好吗? :)
以下是一些生物信息学,常见的数据格式:

目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
input_file
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA

理想结果:

35

我使用awk的方法:

awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file
35

若是利用c++,你能分享如何读取及计算出input_file内,共有多少个A,C,G,T,etc

pangding,你好 :)
请问你对c++,是否有研究呢?
以下是一些生物信息学,常见的数据格式:

目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
[home@cpp]cat input_file.txt
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA

理想结果:

35

我使用awk的方法:

[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35

若是利用c++,你能分享如何读取及计算出input_file内,共有多少个A,C,G,T,etc

pangding,你好 :)
请问你对c++,是否有研究呢?
以下是一些生物信息学,常见的数据格式:

目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
[home@cpp]cat input_file.txt
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA

理想结果:

35

我使用awk的方法:

[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35

若是利用c++,你能分享如何读取及计算出input_file内,共有多少个A,C,G,T,etc

awk和perl是很容易写出其程序...
但若是挡案太大时,就需要很长的时间...
因此,我才想看,是否能用c++,加快分析的速度...
希望你对c++的了解,能互相学习 :)
真的很谢谢你的帮忙...