#include<string>
#include<vector>
#include<iostream>
#include<fstream>
#include<boost/algorithm/string.hpp>
#include<map>
#include<math.h>
using namespace std;

void usage()
{
        cout <<"Usage:  ./StatRfamGff   <Input Rfam gff3 file>  <Out put Rfam stat file>" << endl;
}


struct ncRNAInfor
{
        int Length;
        int Number;
};
//到这里一下就可以看懂了，上面帮忙解释下
int main(int argc, char *argv[])
{
        string line;
        char *Input = argv[optind++];
        char *Output = argv[optind++];

        if(!Input || !Output)
        {
                usage();
                exit(0);
        }

        ifstream infile(Input);
        ofstream outfile(Output);

        map <string, ncRNAInfor> Rfam;
        map <string, ncRNAInfor>::iterator Iter;

        while(getline(infile,line))
        {
                if(line[0] == 'S' || line[0] == 'N' || line[0] == '-' )
                continue;

                vector<string> Vecline;
                boost::split(Vecline, line, boost::is_any_of("\t "), boost::token_compress_on);

                Rfam[Vecline[4]].Number += 1;


                Rfam[Vecline[4]].Length += abs(atoi(Vecline[3].c_str()) - atoi(Vecline[2].c_str()) + 1);
        }

        for(Iter = Rfam.begin(); Iter != Rfam.end(); Iter++)
        outfile << Iter->first << '\t' << Iter->second.Number << '\t' << Iter->second.Length << endl;
        return 0;
}

脚本？你在搞笑吧
就是参数错误时，输出一句提示语 Usage:  ./StatRfamGff   <Input Rfam gff3 file>  <Out put Rfam stat file>
这和C++无关，但能猜到出它叫你加两个参数，第一个是 输入Rfam gff3的文件，第二个是 输出的Rfam stat文件名。

哦，谢谢，这不是脚本吗，那应该怎么称呼这一串代码呢，还有就是这一行的标点符号有点丰富，所以看的时候不知道都什么作用，用双引号可以代替尖括号吗？我是新手，所以很多问题很幼稚，见谅