uint32 能表示的最大值为 4294967295，也就是不足43亿。如果用uint64，那就可以表示一千八百亿亿，足够你用了

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>

void dna8_val2str( unsigned long val, char str[8] )
{
    assert( val < (1ul<<(8*2)) );

    for( size_t i=0; i<8; ++i )
    {
        str[7-i] = "agct"[val%4];
        val >>= 2;
    }
}

const char* ifilename = "result1.txt";
const char* ofilename = "result2.txt";

int main()
{
    unsigned long long words = 0;
    unsigned long long numbers[65536] = { 0 };

    // 处理
    FILE* fin = fopen( ifilename, "r" );
    if( !fin )
    {
        printf( "Cannot open \"%s'.\n", ifilename );
        return 1;
    }
    int bav = 0;
    unsigned long val = 0;
    for( int c; c=fgetc(fin), c!=EOF; )
    {
        switch( c )
        {
        case '@': // 遇到@则结束
            break;
        case '\r':
        case '\n':
            ++words;
            //bav = 0;
            continue;
        case 'a':
        case 'g':
        case 'c':
        case 't':
            val = ((val<<2)&0xFFFF) | (c%36%5);
            if(bav<7) // 不足8个有效字符时先等等
                ++bav;
            else
                ++numbers[val];
            break;
        default: // 出现了agct之外的字符
            {
            fpos_t pos;
            fgetpos( fin, &pos );
            if( c>0x20 && c<0xFF ) // 可显示的字符，就显示其本身
                printf( "--- 0x%016llX处出现非法字符\'%c\'\n", pos-1, (char)c );
            else // 不可显示的字符，就显示其对应的ASCII值
                printf( "--- 0x%016llX处出现非法字符0x%02hhX\n", pos-1, (char)c );
            }
        }
    }
    fclose( fin );

    // 输出
    FILE* fout = fopen( ofilename, "w" );
    if( !fout )
    {
        printf( "Cannot open \"%s'.\n", ofilename );
        return 3;
    }
    fprintf( fout, "The Number of total words are %lld\n", words );
    fprintf( fout,"The Expect Number words are %f\n", words/65536.0 );
    for( int i=0; i<65536; ++i )
    {
        // if( numbers[i] !=0 )
        {
            char str[8];
            dna8_val2str( i, str );
            fprintf( fout, "%.8s\t%lld\t%f\n", str, numbers[i], numbers[i]/65536.0 );
        }
    }
    fclose( fout );
    printf( "处理完毕\n" );

    return 0;
}

不过，我最大的疑惑还是10楼说的，对于
aaaaaaaaa
aaaaaaaag
aaaaaaaac
@
你一开始的代码计算出 aaaaaaaa 数目为 4
后来在7楼又说数目应该为10
其实我觉得，你一开始（为4）才是符合逻辑的，你去问问同事到底应该怎么算

按道理是后者，等于10才对，不过数据特别大，我做的是统计，所以这点误差可以不考虑了。你最后发的这个代码我刚才运行了一下，
unsigned long long words = 0;
unsigned long long numbers[65536] = { 0 };这两行报错：e:\species\mouse\cpp2.cpp(21) : error C2632: 'long' followed by 'long' is illegal

行与行的数据是独立的，比如一条基因是 acgttgca，打断成 tgca、acgt，放在你的result1.txt中就是
tgca
acgt
@
如果你下一行接上一行的数据，那就成了 tgcaacgt，明显跟原先的不同

而关于编译不通过，说明你用的编译器“极度”老旧，连 long long 这个C/C++都有的内建类型都不认识
31楼的代码，只要用符合标准的编译器，无论是C，还是C++，都能编译通过，我已经试过了
C++用 VC2008 试过，也用 g++4.7.2 试过
C用 gcc4.72 试过

如果你用的是古老的VC，可以将 long long 改为 __int64，printf中格式化字符串中的ll改为I64就行了

是这个意思，我做的是行与行之间需要首尾相接的，把所有字符归为一行进行统计。我把1.8G文件（17亿字符）分成了20份，分别输出结果，然后把数据相加。总结果和对1.8G文件整体扫描得出的结果一样。所以我觉得其实不用改数据类型了吧？

大兄弟啊，我这有个perl的程序，比较简单，不知道你会不会，你看一下。
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
open IN,"1.txt";
open OUT,">2.txt";
 my $dna  = <IN>;
my $revcom = $dna;
$revcom =~ tr /acgt/ACGT/;
my $gc = $revcom =~ tr/GC//;
my $gc_content = sprintf( "%.2F", $gc / length($revcom) * 100 );
my $at = $revcom =~ tr/AT//;
my $at_content = sprintf( "%.2F", $at / length($revcom) * 100 );
my $ALL = $revcom =~ tr/ACGT//;
my $A = $revcom =~ tr/A//;
my $C = $revcom =~ tr/C//;
my $G = $revcom =~ tr/G//;
my $T = $revcom =~ tr/T//;
print OUT "GC数量:$gc\n";
print  OUT "GC含量:${gc_content}%\n";
print OUT "AT数量:$at\n";
print  OUT "AT含量:${at_content}%\n";
print OUT "A总数: $A\n";
print OUT "C总数: $C\n";
print OUT "G总数: $G\n";
print OUT "T总数: $T\n";
print OUT "ACGT总数: $ALL\n";
close OUT;
close IN;
这个程序的问题，是我的数据在18亿个字符，提示信息是是超出内存（out of memmery).这个怎么修改一下啊

兄弟，先前我是统计8个字符，这个程序很好使，我要是统计四个字符的话，把你这个程序哪个地方改一下就行了？